El quebrantahuesos es una de las pocas es­pecies amenazadas de la fauna ibérica que ha experimentado un aumento y recuperación tan considerable. Tanto las acciones vinculadas a la biología de la conservación, como las vin­culadas a la educación ambiental y desarrollo rural se consideran de gran calidad y así han sido valoradas por los 21 galardones y premios concedidos:

•  Año 1998 se le concedió el primer premio Félix de Azara de la Diputación Provincial de Huesca por su trabajo en la provincia de Huesca.
• Año 2000 se le concedió la mención honorí­fica en el Premio Nacional de Medio Ambiente, otorgado por el Ministerio de Medio Ambiente.
• Año 2001, Primer premio nacional de la cade­na de tiendas Natura Selection por su proyec­to “Borda: Iniciativas para el Desarrollo Rural a través de la Conservación de la Naturaleza”.
• Año 2001: se le concedió el premio Félix de Azara (modalidad ONGs) otorgado por la Di­putación Provincial de Huesca, por la campaña de educación ambiental “Conoce la Naturale­za de Aragón” en la que la FCQ permanece en convenio con el Gobierno de Aragón y la Caja Inmaculada.
• Año 2001: 1º premio Aragonia de la Sociedad Aragonesa de Ciencias Naturales.
• Año 2002: el Ayuntamiento de el Pueyo de Araguás recibió el premio Félix de Azara (mo­dalidad entes locales) junto con la FCQ, por el proyecto de desarrollo rural y conservación de la naturaleza “Proyecto Borda”.
• Año 2004: La empresa la Zaragozana fue pre­miada junto con la FCQ, Félix de Azara en la modalidad de empresas por la Diputación Pro­vincial de Huesca por su campaña de difusión “Especies Green”.
• Año 2004: Día Europeo de los Parques, 24 de mayo “NATURA 2000”. Tercer Premio concedi­do por EUROPARC-España y Fundación de las Cajas de Ahorros (FUNCAS), por el proyecto ti­tulado: Apoyo a la Ganadería Extensiva de Ovi­no en la Peña Montañesa (ZEPA Cotiella-Sierra de Ferrera). Premio recibido por el Ayuntamien­to del Pueyo de Aragüas y la Fundación para la Conservación del Quebrantahuesos.
• Año 2005: Accesit de la compañía de segu­ros Maphre-Finisterre por el concurso de Ideas por su proyecto “Borda: Iniciativas para el De­sarrollo Rural a través de la Conservación de la Naturaleza”.
• Año 2006: Premio Félix de Azara (modalidad entidades sin ánimo de lucro) otorgado por la Diputación Provincial de Huesca, por la campa­ña de educación ambiental “Nuestro clima es cosa de todos”.
• Año 2008: Premio “Caja España Medio Am­biente 2008” por el proyecto “Programa de alimentación suplementaria específico paraunidades reproductoras de quebrantahuesos (Gypaetus barbatus) en Aragón”.
• Año 2008: Premio “MILANO 2008” AL ME­DIO AMBIENTE. Premios de la Asociación In­dependiente de Periodistas, Escritores y Profe­sionales 2008.
• Año 2009: Accesit premio Europarc Espa­ña-Funcas por el proyecto de visitas guiadas para la difusión del Plan de Recuperación del Quebrantahuesos en Aragón.
• Año 2013: Premio Medio Ambiente Aragón, modalidad entidades sin ánimo de lucro.
• Año 2014: Premio AECCA (Asociación Espa­ñola de Cetrería y Conservación de las Aves Rapaces).
• Año 2014: Premio en Defensa de la Naturaleza del Ayuntamiento de Jaulín (Zaragoza), edición XXXIII.
• Año 2020: Premio Experiencias Inspirado­ras del Programa Sociedad y Áreas Protegidas de EUROPARC-España al proyecto “Marca de Garantía Pro-Biodiversidad: Soluciones de mer­cado para ganaderos que conservan la biodi­versidad”. Ver: https://quebrantahuesos.org/ europarc-espana-falla-el-ii-premio-experien­cias-inspiradoras/
• Año 2020: 2º Premio “Impulso Solidario” de la Fundación Ibercaja.
• Año 2020: 1º Premio de la Comisión Europea por la contribución al desarrollo socioeconómi­co en áreas de la Red Natura 2000, a través de la marca de garantía Pro-biodiversidad. Ver: https://quebrantahuesos.org/la-comision-eu­ropea-concede-el-premio-natura-2000-be­neficios-s ocioe c onomic os-al-proye c­to-de-la-fcq-marca-pro-biodiversidad/
• Año 2020: 1º Premio de la Fundación BBVA de conservación de la biodiversidad. Ver: https:// quebrantahuesos.org/xv-edicion-de-los-pre­mios-a-la-conservacion-de-la-biodiversidad/
• Año 2021: 1º Premio Medio Ambiente Ara­gón de forma compartida el Ayuntamiento de Aínsa-Sobrarbe y la FCQ. Ver: https://www. heraldo.es/noticias/aragon/huesca/2021/06/04/ ainsa-y-la-fundacion-quebrantahuesos-pre­mios-de-medio-ambiente-de-aragon-1497248. Html
• Año 2022: Finalista de los premios Edelweiss II edición del Cluster de Turismo Sostenible de Aragón, en la categoría de territorio sostenible desde ONGs y fundaciones de Aragón. Ver:
• https://sostenibles.org/2022/05/25/premios-edelweiss-de-turismo-sostenible/
• Año 2023:  1º Premio a las Buenas Prácticas Locales por la Biodiversidad, al Ayutamiento de Aínsa-Sobrarbe y la FCQ por su proyecto sobre gestión de la Red Natura 2000 en el citado municipio en el marco del acuerdo de custodia. Otorgado por la Federación Española de Municipios y Provincias (FEMP).
• Año 2024: 1º Premio del programa El Escarabajo Verde de Radio Televisión Española (RTVE) como entidad privada o pública dedicada a la conservación de la naturaleza por su trayectoria. Tercera edición de los premios del programa documental El Escarabajo Verde.